El Sistema de Gestión de la Calidad del Instituto Nacional de Salud, se encuentra establecido en la Directiva Nº 005-INS/OGAT-V.01, "Directiva del Sistema de Gestión de la Calidad del Instituto Nacional de Salud, aprobado con R.J. Nº 007-2011-J-OPE/INS, se fundamente en el enforque basado en procesos, cuya finalidad es contribuir a incrementar la satisfacción de los usuarios internos y externos de los bienes y servicios que ofrece el Instituto Nacional de Salud.
En el INS el Sistema de Gestión de la Calidad Institucional se implementa de acuerdo a la norma ISO 9001. Así mismo, los Centros Nacionales u Oficinas Generales del INS implementan de manera gradual y progresiva modelos de gestión de la calidad o normas de calidad nacionales o internacionales de acuerdo a la naturaleza de sus actividades y siguiendo sus respectivos planes aprobados.
Actualmente, el Centro Nacional de Control de Calidad ha recibido un Certificado de Acreditación Internacional ISO/IEC 17025:2005 de ACLASS, demostrando su suficiencia técnica y garantizando la confiabilidad internacional de sus resultados, fortaleciendo el rol de referencia del Instituto Nacional de Salud, en el control de calidad de medicamentos.
Asimismo, el Instituto Nacional de Salud, a través de la Oficina Ejecutiva de Gestión de la Calidad, viene realizando esfuerzos para la implementación de un Sistema de Gestión de Calidad en los órganos de apoyo en base a normas internacionales ISO, con el objeto de procurar la satisfacción de sus usuarios internos y externos.
En este sentido se ha institucionalizado el Plan de Calidad del Instituto Nacional de Salud, el cual incluye objetivos de calidad orientados al quehacer de cada Unidad Orgánica, alineados a los Objetivos de Calidad Institucionales, instrumento de gestión para el monitoreo mediante indicadores y metas. Asi como el Plan Director del Sistema de Gestión de la Calidad del INS 2011-2015, aprobado mediante R.J. Nº 334-2011-J-OPE/INS del 23 de noviembre 2011, en el marco de la implementacion del Objetivo Estratégico de cumplir estándares internacionales de procesos o sistemas de gestión priorizados a fin de satisfacer las necesidades de nuestros usuarios internos y externos.